يتكون المركز من عدد من الوحدات المتخصصة التي تباشر مهامها بقدر كبير من التسيير الذاتي ولكنها تكمل بعضها البعض في عملها، وهي:
1) وحدة البحث الميداني
يعتبر البحث الميداني العمود الفقري في عمل المركز للحصول على معلومات دقيقة وموثقة قانونياً حول انتهاكات حقوق الإنسان. يقوم بهذه المهمة فريق من الباحثين الميدانيين المدربين يعملون في كافة مناطق القطاع لمتابعة وتوثيق انتهاكات حقوق الإنسان أولا بأول، من خلال جمع الإفادات من الضحايا أو شهود العيان بشكل دقيق. وللمحافظة على دقة التوثيق، يقوم منسق وحدة البحث الميداني و باحثو المركز بمراجعة ما يجمعه الباحثون الميدانيون. ومن خلال تواجد الباحثين الميدانيين بصورة مستمرة بين الجمهور فان المركز يحافظ على علاقات وثيقة مع البيئة المحيطة، و بهذا يمكن للمجتمع التأثير على عمل المركز، كما يتمكن المركز من الوقوف على احتياجات واهتمامات المجتمع.
2) الوحدة القانونية
تضم هذه الوحدة فريقاً من المحامين لتقديم الإرشاد والمساعدة والاستشارة القانونية للأفراد والجماعات مجاناً. كذلك تقوم الوحدة بالمداخلة القانونية مع الجهات المختصة بالإضافة إلى التمثيل القانوني أمام المحاكم في بعض القضايا التي تمس بمبادئ حقوق الانسان، خصوصا ذات الطابع الجماعي أو التي تعود نتائجها بالنفع الجماعي. كما تشجع الوحدة في عملها استقلال القضاء وتدعم مبدأ سيادة القانون.
3) وحدة تطوير الديمقراطية
تختص هذه الوحدة بالعمل على تعزيز الديمقراطية وتنمية المجتمع المدني الفلسطيني وترسيخ مبدأ سيادة القانون. من أجل ذلك يقوم طاقم العمل في الوحدة بإعداد الأبحاث وتنظيم ندوات تتناول موضوعات حقوق الإنسان والديمقراطية و تعزيز ممارستها. كما يقوم الطاقم كذلك بإعداد المراجعات والدراسات للقوانين ومشاريع القوانين الصادرة عن السلطة الوطنية الفلسطينية للمساهمة في تبني تشريعات فلسطينية تدعم التوجه نحو الديمقراطية واحترام حقوق الإنسان.
4) وحدة الحقوق الاقتصادية والاجتماعية
تسعى هذه الوحدة إلى التأكيد على أهمية الحقوق الاقتصادية والاجتماعية وإعطائها الاهتمام اللائق بها بالبحث والدراسة لاسيما في ظل عدم التناول الكافي لها من قبل منظمات حقوق الانسان الأخرى في فلسطين. ومن اجل ذلك تقوم الوحدة بإعداد الدراسات والأبحاث وورش العمل والندوات التي تتناول واقع هذه الحقوق في الضفة الغربية وقطاع غزة. كما تسعى الوحدة إلى تطوير توصيات ومعايير خاصة لكل من تلك الحقوق للوفاء بها في الحالة الفلسطينية. وتقوم الوحدة بمراجعة التشريعات ومشاريع القوانين الصادرة عن السلطة الفلسطينية وذات العلاقة بالحقوق الاقتصادية والاجتماعية لضمان تشريعات تتماشى والمعايير الدولية للوفاء بها. كما أن الوحدة تسعى إلى توفير قاعدة تدريبية ومعلوماتية للأفراد المكلفين بوضع الخطط وتطبيق البرامج والسياسات الخاصة بتلك الحقوق في المؤسسات الحكومية والغير حكومية بما يتماشى والمقبول دولياً لضمان أقصى درجة من الوفاء بتلك الحقوق.
5) وحدة حقوق المرأة
بدأت في مطلع مايو 1997. وجاءت استحداث هذه الوحدة بعد دراسة شاملة لوضع المرأة الفلسطينية ولعمل المؤسسات النسوية في قطاع غزة. وتهدف الوحدة إلى تقديم المساعدة القانونية للمؤسسات النسوية وللنساء على حد سواء، بما في ذلك التوجه للمحاكم الشرعية. بالإضافة إلى ذلك تعمل الوحدة على توعية المرأة الفلسطينية وتعريفها بحقوقها التي تكفلها مواثيق حقوق الإنسان الدولية، وكذلك توعيتها بالقوانين المحلية ذات العلاقة. وتهدف الوحدة أيضا إلى إعداد الدراسات والأبحاث المتعلقة بالمرأة الفلسطينية، وكذلك مساندة كل الجهود الرامية إلى تغيير القوانين المحلية التي تجحف بحق المرأة و تنطوي على تمييز ضدها.
6) وحدة التدريب
تشكل وحدة التدريب أحد الأدوات الرئيسة في عمل المركز من اجل نشر وتطوير ثقافة حقوق الإنسان وتعميق مفاهيم الديمقراطية على مستوى المجتمع المحلي لكافة شرائحه وفئاته. وتعمل الوحدة عبر تنظيم وعقد دورات تدريبية وورشات عمل، على تطوير المعارف النظرية وإكساب مهارات عملية، تسهم في خلق تغيير حقيقي على مستوى سلوك المجتمع، يؤدي إلى تعزيز واحترام حماية حقوق الإنسان وتعزيز عملية مشاركته في بناء المجتمع. وتستهدف الوحدة بشكل خاص الفئات الشبابية من طلبة الجامعات، نشطاء الأحزاب السياسية، المحامين، العاملين في مجال الإعلام، أعضاء النقابات المهنية المختلفة والمؤسسات النسائية، وغيرها من منظمات المجتمع المدني.
7) المكتبة
أسس المركز مكتبة قانونية متخصصة في القانون المحلي والدولي وحقوق الإنسان والديمقراطية. تحتوي المكتبة على مراجع ومجلات وإصدارات متنوعة باللغتين العربية والإنجليزية، بالإضافة إلى القوانين الفلسطينية ونصوص الأوامر العسكرية الإسرائيلية وكذلك بعض القوانين والتشريعات من البلدان العربية. كذلك توفر المكتبة العديد من المواد والدراسات المتعلقة بالقضية الفلسطينية والصراع العربي -الإسرائيلي. ويسعى المركز باستمرار لإغناء وتوسيع مكتبته وهي مفتوحة لاستخدام الباحثين والأكاديميين والمهتمين مجانا.
