بعد قراءة قانونية للاتفاقات الموقعة بين منظمة التحرير الفلسطينية وحكومة إسرائيل، خلص المركز إلى أن الاحتلال الإسرائيلي مازال قائما بشكليه المادي والقانوني. فقد تم إعادة تموضع القوات الإسرائيلية داخل قطاع غزة والضفة الغربية، وبقيت المستوطنات وبعض المنشآت العسكرية الإسرائيلية على حالها محتلة جزءا لا يستهان به من الأراضي الفلسطينية. كما بقيت الجوانب القانونية للاحتلال الإسرائيلي على حالها لحد كبير، فالأوامر العسكرية الإسرائيلية لم تلغ وبقيت سارية المفعول بموجب الاتفاقات، وما تزال المحاكم العسكرية قائمة، وما يزال آلاف الفلسطينيين أسرى في السجون الإسرائيلية. هذا بالإضافة إلى أن العناصر الجوهرية للقضية الفلسطينية بقيت دون حل: الحق في تقرير المصير؛ إزالة المستوطنات الإسرائيلية؛ حق العودة للاجئين الفلسطينيين؛ وقضية القدس كعاصمة دولة فلسطين المستقلة. إن جميع هذه القضايا هي حقوق أساسية للشعب الفلسطيني، لهذا توجب علينا في المركز الفلسطيني لحقوق الإنسان الاستمرار في العمل على انتهاكات حقوق الإنسان الفلسطيني من جانب الحكومة والمحاكم الإسرائيلية.
من ناحية أخرى، خلقت عملية السلام والتحولات السياسية التي تلتها وقيام مؤسسات السلطة الوطنية الفلسطينية على أجزاء من الأرض الفلسطينية المحتلة دورا نشطا للمركز من أجل حماية الحقوق المدنية والسياسية والعمل على تنمية وتعزيز بناء الديمقراطية ومؤسسات المجتمع الفلسطيني والسعي لتطوير نظام قانوني ديمقراطي في فلسطين.
